世界卫生组织的前身可以追溯到1907年成立于巴黎的国际公共卫生局和1920年成立于日内瓦的国际联盟卫生组织。战后，经联合国经社理事会决定，64个国家的代表于1946年7月在纽约举行了一次国际卫生会议，签署了《世界卫生组织组织法》。1948年4月7日，该法得到26个联合国会员国批准后生效，世界卫生组织宣告成立。每年的4月7日也就成为全球性的“世界卫生日”。同年6月24日，世界卫生组织在日内瓦召开的第一届世界卫生大会上正式成立，总部设在瑞士日内瓦。

1851年第一次国际卫生会议在巴黎召开，目的是制定国际卫生公约，但是没有成功。

1892年 控制霍乱的国际卫生公约被采用。

1897年 另一个国际公约--处理鼠疫的预防性方法被采用。

1902 年国际卫生局，后来更名为泛美卫生局，以后改为泛美卫生组织，在华盛顿成立。它是今天的泛美卫生组织(PAHO)的前身，同时是世界卫生组织的美洲地区办公室。

1907年国际公共卫生办公室 (OIHP)成立于巴黎，具有稳定的秘书处和由成员国政府的高级公共卫生官员组成的稳定的委员会。

1919年同盟国成立，在其他任务之中 ，负责解决国际关注的疾病预防与控制事务。同盟国的卫生组织在日内瓦成立，与(OIHP)是平行的。

1926年 提供天花和斑疹伤寒的预防被修入国际卫生公约中。

1935年航空国际卫生公约开始生效。

1938年 最后一次国际卫生会议在巴黎举行。在亚历山大的Conseil卫生、航海等检疫被移交到埃及。(世界卫生组织的东地中海地区办公室是它的直系后代)。

1945年 在举行的关于国际组织的联合国会议上，一致通过由巴西和中国建立一个崭新的自治的国际卫生组织。

1946年 纽约国际卫生会议通过世界卫生组织(WHO)宪章。

1947年 WHO度委员会组织赴埃及协助遏制霍乱流行。

1948年 当4月7日61个成员国中的第26个成员签署完认可签名时，WHO宪章(作为每年的世界卫生日)开始生效，稍后，第一届世界卫生大会在日内瓦举行，有53个政府的代表参加，后来成为世界卫生组织的成员。

1951年 新建国际卫生规章正文被第四届世界卫生大会采用，代替前一国际卫生公约。

1969年这些更名的国际卫生规章，去掉了虱传斑疹伤寒和回归热.仅保留霍乱、鼠疫、天花和黄热病。

1973年 来自执行委员会的报告表明对卫生服务存在着普遍的不满，需要作出根本性的改变。第二十六届世界卫生大会决定WHO将与其成员国合作而不是帮助，共同发展国家卫生保健体系的实践性的指导方针。

1974年 WHO发起意在保护儿童不受小儿麻痹症、麻疹、白喉、百日咳、破伤风和肺结核等疾病侵袭的扩大免疫计划。

1977年 第三十届世界卫生大会确立目标：到本世纪末下个世纪初达到卫生保健水平：2000年人人享有卫生保健。所有人将过上在社会地位和经济上富裕的生活。

1978年 WHO/UNICEF (联合国儿童基金会)苏联阿拉木图联合国际会议采用一个关于以初级卫生保健为关键最后达到2000年人人享有卫生保健的目标的声明。

1979年 联合国会员大会、第三十二届世界卫生大会重健康是社会经济与和平发展的强大杠杆。

1979年 全世界批准证明全世界根除天花 ，最后一个天花自然病例发生在1977年。

1981年 2000年人人享有卫生保健全球战略被采用，并且由联合国会员大会签署，要求其他有关的国际组织与WHO合作。

1987年 联合国会员大会表示关注艾滋病流行。有关艾滋病的全球计划在WHO内发起。

1988年 庆祝WHO成立四十周年纪念。第十一届世界卫生大会决定2000年消灭小儿麻痹症。

1993年与联合国儿童基金会，联合国开发计划署，世界银行和洛克菲勒基金会共同发起儿童主动免疫疫苗。

1996年 WHO卫生发展中心在日本神户成立。

1998年世界卫生组织公约签署50周年纪念。

2006年12月12日，世界卫生组织(WHO)和联合国人口基金(UNPF)共同采纳了两种抗人类乳头状瘤病毒(HPV)的新疫苗，这为该疫苗在发展中国家的推广使用提供了机遇。HPV是引起女性子宫颈癌的罪魁祸首。

2007年1月4日，陈富冯珍博士正式就任WHO总干事。1月9日，陈冯富珍博士任命Anarfi Asamoa-Baah博士为WHO新副总干事。Anarfi Asamoa-Baah博士在1998年就已经是WHO的资深官员。

2007年1月16日，世界卫生组织报道了一项在肯尼亚开展的HIV控制项目取得了重大进展。项目采用电子登记系统实时记录HIV患者的检测和治疗信息，这彻底变革了HIV的治疗模式。埃尔德利特(肯尼亚地名)的Moi大学和美国Indiana州立大学在WHO的协助下，利用这套系统完成了近70，000例患者的治疗。

2012年5月，世卫组织确定重点的程序在世界卫生大会对改革问题的讨论中占到了首要位置，会员国对二月份会员国关于规划和确定重点会议的结果表示认可，同时认识到应当对健康的决定因素给予特别重视。治理和管理规划群组方面的许多改革都得到了批准，并要求秘书处向前推进，包括加以落实。在世卫组织的筹资等其它方面，会员国要求秘书处在定于12月初举行的规划、预算和行政委员会(PBAC)特别会议上对这一问题再次展开讨论。

2012年第65届世界卫生大会决定通过一项全球目标，即到2025年使慢性非传染性疾病导致的过早死亡率降低25%。

2014年5月，第67届世界卫生大会通过2014年至2023年传统医学战略，敦促各国政府重视传统医学在医疗保健中的作用，并进一步提高传统医学的规范性与安全性。这项举措将推中医药发展。

世界卫生组织宣布，利比里亚过去42天没有出现任何新的埃博拉病例，利比里埃博拉疫情已经结束。

2016年1月15日，据中国之声《新闻纵横》报道，世界卫生组织日前宣布，利比里亚最后一例埃博拉患者的病毒检测呈阴性，同时该国已连续42天没有新增埃博拉病毒感染病例，这一时间是埃博拉病毒最长潜伏期21天的两倍，因此可以宣布疫情结束。

这也标志着从2014年起肆虐西非的埃博拉病毒疫情全部结束。[7] 但是就在几个小时后，塞拉利昂的卫生官员证实，塞拉利昂又有人因埃博拉病毒而死亡。